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巴瑞替尼的副作用主要包括诱发感染、诱发恶性肿瘤、形成血栓、肝功能异常，以及过敏反应等。
巴瑞替尼主要用来治疗类风湿关节炎，由于副作用众多，建议在专科医生指导下使用，不可擅自用药。
1、诱发感染：使用巴瑞替尼可能诱发多种感染，比如诱发结核感染，诱发侵袭性的真菌感染，如肺孢子菌感染等。
诱发由机会致病菌导致的感染，如大肠埃希菌感染的胃肠炎等；
2、诱发恶性肿瘤：使用巴瑞替尼可能会诱发肿瘤的发生如淋巴瘤等，尤其在本身患有肿瘤的患者身上更易发生；
3、形成血栓：使用巴瑞替尼可能会引起血小板升高，引起血液高凝状态，最后引发血栓形成，如形成下肢静脉血栓等；
4、肝功能异常：由于多数药物均需经肝脏代谢，因此使用巴瑞替尼可能会加重肝脏代谢负担，引起肝功能异常，出现谷丙转氨酶、谷草转氨酶等升高；
5、过敏反应：部分对巴瑞替尼过敏的人群，使用此药物后，还容易出现过敏反应，通常表现为局部起皮疹、瘙痒等。
