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棉苗炭疽病是由棉炭疽病菌引起的、发生在棉花的一种病害。该病除侵染棉花幼苗外，还能侵害茎、子叶、叶片及后期棉铃 。
棉花炭疽病是中国棉区普遍发生的一种主要苗期病害，尤以长江流域棉区发病为重。黄河流域及辽河流域棉区在个别年份、个别地区发生较重，一般发生较少。受害棉苗严重影响齐苗、健苗、早发。发病的多少受当年的气候及栽培条件的影响很大。一般苗期发病率20-70%，严重时可达90%以上 。
棉苗炭疽病主要由种子传染，故选用质量好的无病种子或用隔年种子作种，并彻底消毒，是防治此病的关键 。
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