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阿莫西林属于青霉素类抗菌药物，最危险的不良反应是过敏反应，严重过敏反应会引起过敏性休克，非常危急，但是现在可以通过皮试来解决这个问题，所以在口服或者注射阿莫西林之前，医生往往会做皮试，或者问问有没有做过阿莫西林的药敏实验。还有一些其它不良反应，比如恶心、呕吐、腹泻这样一些胃肠道反应。
如果长期大量使用阿莫西林一类抗生素，可能会引起伪膜性肠炎，也就是抗生素相关性肠炎，要停药对症处理。在使用阿莫西林这一类抗菌药物出现不良反应以后，可能会导致肠道菌群紊乱，停药以后可以通过补充活菌制剂，或者喝点酸奶来改善肠道菌群，恢复正常生理功能。阿莫西林还有一类不良反应就是皮疹、药疹、药物热、哮喘，以及贫血、血小板减少、嗜酸粒细胞增多等等不良反应。
