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第三讲Uniprot蛋白数据库及其他蛋白质分析工具2013/03/19
Uniprot360问答数据库
•Uniprot（Universal protein resour各眼冷两径挥景ce)是蛋白质序列的联合数据库。
–SIB: Swiss Institute of Bioinform期额垂应营宽分位掌atics–EBI: European Bioinformatics Institute–PIR: Protein Information Resource–2002年三家联合形成了Uniprot
Swiss氢‐Prot
•198耐落卷大影米孙6年建立•低冗余度•功能导向•由Swiss Institute of Bioinformatics 和EBI共同建立并维护
TrEMBL
•TrEMBL=Translation from EMBL•EBI建立并维护•是一个自动数据库•冗余度高，可信度低
UniprotKB
•部分经过专家注释的数据库•具有很高的可信度•包括两部分UniprotKB/Swiss‐Pr钢杂当总儿读掉二提比每ot和UniprotKB/TrEMBL•UniprotKB/Swiss‐Prot包控增括539,165条序列•UniprotKB/TrEMBL包括29,769,971 条序列•具有非冗余性
Uniparc
•非冗余性•给予序列的特异性，非同一物种的相同序列被认为是同一个蛋白质•每一条序列被给予一个特异的编号
Uniparc
•••••••••••••••••INSDC EMBL‐Ba虽存袁待细越死到许预策nk/DDBJ/GenBanknucleotide sequence databasesEnsemblEuropean Patent Office (EPO)FlyBaseH‐Invi心tational Database (H‐Inv)International Protein Index (IPI)Japan Patent Office (JPO)Protein Inform优丰燃是反映集ation Resourc备理表乐预e (PIR‐PSD)Protein Data Bank (PDB)Protein
