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mirbase阿数据库怎么引物设计

mirbase阿数据库怎么引物设计

miRNA可以设计茎环引物反转录,用探针法或者染料法检测。这来自个引物设计都是固定格式的

miRNA引物设计(茎环法+染料法检会图种之所再浓最孙报测)

设计方法:通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物,正向引物为miRN360问答A去除后面6个碱基的序列,反向引物在茎环上。

反转录茎环通用序列:

GT犯CGTATCCAGTGC星州持愿GTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC

miRNA序列:

>mmu-miR-99b-5pMIMAT0000132MusmusculusmiR-99b-5p

CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为:

GTCGTATCCAG象对肉结销季北销TGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG

定量PCR反向引物为:TGTCGTGGAGTCGGC

正向引物为:CACCCGTAGAACCGAC

备注:

1定跳常怀将量PCR反向引物和正向引物的TM值不要相差太大,反向引物TM已经确定,如果正向引物TM较低,则在5`端添加几个碱基(如:G)凯。

2染料法的检测可能会出现引物二聚体和非特异性扩增,可以使用探针法检测,探针法和染料法相似,只是茎环上不仅有一个反向引物结合位点,还有一个探针结味虽较象红距均她合位点。

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