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鲲鹏航空有限公司于2006年7月经中国民用航空总局批准筹建，2007年5月正式成立，2007年10月开航投入运营。初始总部和主运营基地设在西安。鲲鹏航以三架CRJ-200型飞机在西安咸阳国际机场起步运行，拥有员工200多名，拟开通国内航线10多条，预计2007年末将投入5-9架飞机运行，2008年北京奥运会前机队规模达到20架。
鲲鹏航空定位为低成本的支线航空公司，在西安设立基地机场旨在以西安为中心，将西安一小时经济圈扩大5倍，促进西部经济建设以及中国民航支线运输的发展，促进地方交通网络建设，服务地方经济发展。
当时，我国民航在册100座以下支线飞机共有79架，占当年运输机队的比例不足9%。2005年，支线飞机共实现起降12.90万次，占民航飞机总起降次数的8.7%；完成载客399.80万人次，占民航旅客总量的2.89%；完成旅客周转量31.09亿人公里，占旅客总周转量的1.52%，上述指标都远低于欧美航空运输强国支线飞机所占比例，同时也从另一方面说明了我国支线航空运输有着巨大的发展空间和迫切的发展需求。
设立合资航空运输企业，创新管理模式，充分发挥深航在航空干线运营和合资方在支线航空运营方面所积累的丰富经验，组建一家全国性的支线航空公司，积极实施既定的支、干线联运发展战略，促进干支线的健康、协调发展。 2008年深航与河南省政府越走越近，当年7月双方签订协议，将鲲鹏航空总部从西安迁往郑州，开通郑州发往各大中城市的支线航班。鲲鹏还表示，未来将保持每年10架以上的飞机增长规模，计划2016年将达200架规模。时任深航高层与河南省政府约定，向后者转让鲲鹏航空49%股份，并更名为河南航空。河南航空的成立使河南终于有了自己的全国性航空公司。
经中国民用航空局、国家商务部审核批准及河南省工商行政管理局核准登记，鲲鹏航空有限公司于2009年9月25日正式更名为河南航空有限公司。经中国民用航空局审批，于2010年1月26日正式以河南航空有限公司名称运营。但河南省政府注资一事迟迟没有进展。 2010年8月24日22时10分许，深航下属鲲鹏航空有限公司（河南航空有限公司）一架航班号为VD8387的E190型支线客机在黑龙江省伊春市降落时发生事故，机上共96人，包括5名机组人员，事故造成42人遇难，54人受伤。
2010年8月27日晚，河南省政府新闻办紧急召开通报会，对外宣布撤销伊春空难当事者“河南航空”的企业名称登记，并要求其恢复原名“鲲鹏航空”。理由是，河南航空作为企业名称，在使用中已对公众造成误解，给河南造成极大负面影响。而“河南未持有河南航空股份，也未参与河南航空公司的经营与管理”。
