书面的东西主要是以后万一发生行政复议或行政诉讼中可以作为证据的使用的,两种说法有矛盾,除非你这里正好处于二类区和三类区的交界处,你们小区划到二类区了,而企业则处于三类区,有这种可能性,如果是这样的话环保部门应当给你说明清楚。
而对企业进行限期整改是根据企业所处的噪声功能区的,如果企业是属于三类区,则限期治理后要求应达到三类区标准,如果企业是处于二类区则限期治理后应要求达到二类区标准,不存在企业是在二类区而对其要求是达到三类区标准的情况,现在关键你要搞清楚这个企业是属于几类功能区的就知道环保部门下达的限期整改通知是否存在问题了。
如果你这里(包括企业)是二类功能区,而环保部门下达限期治理是要求达到三类区标准,你可以申请行政复议或提起行政诉讼。