西安交通工程学院2007年开办城市轨道交通运营管理高职专业,先后由电子工程系和轨道交通系管理。2012年,成立了交通运输系,将城市轨道交通运营管理专业划归交通运输系管理。
2014年,学校升格为本科院校,更名为西安交通工程学院,交通运输 专业2014年开始招生。2016年成立交通运输学院 。2018年交通运输专业获学士学位授予权,2019年交通运输专业获批省级一流专业建设点,交通运输实验教学中心获批省级实验教学中心;铁路行车组织基础获批省级2019年线下一流课程。
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