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厦门市环境监测中心站原名为厦门市环境监测站，始建于1978年， 2003年，中国环境监测总站在该站设立中国环境监测总站台湾海峡近岸海域监测分站。2004年7月根据厦委编42号文精神，为了更好整合资源、发挥本市环境监测机构的功能，将同安环境监测站、市农业环境监测站并入厦门市环境监测中心站。
2004年4月顺利通过了“中国实验室国家认可”，获得认可的技术能力遍及化学、生物、声学及振动、燃料、光学与辐射等5个领域共195个项目，成为福建省环境保护系统首个通过认可的单位。
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