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大部分的肝囊肿问题不大，一般也不需要处理，定期彩超随访观察，也不会影响生存期。但是对于某些特殊类型的肝囊肿，也会引起严重的后果。比如说合并有多囊肾的多囊肝。这是一种染色体遗传疾病。病变发生在第16位染色体上，很容易造成肝脏的功能损伤，逐渐会引起门静脉高压，肝硬化，肝功能衰竭等。晚期的患者只有进行肝移植，才能挽救生命。
另外一种肝囊肿是发生在西部牧区的肝棘球蚴病，容易引起梗阻性黄疸，反复发作的胆管炎，破溃进入肺时还可以造成反复肺部感染，影响肝静脉引起布加氏综合征，最严重的还是囊肿破裂，造成过敏性休克导致突然死亡
