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菊头蝠是旧大陆的物种，分布于欧洲、亚洲、非洲和大洋洲，为单型科，现有79种，已有的形态分类系统将其分为15个种组。已有证据表明，菊头蝠起源于3700万年前的始新世中晚期，在1500万年前的早中新世晚期开始快速分化。现生的菊头蝠中，除了早期分化出的水菊头蝠支系（5种）和叶鼻菊头蝠支系（1种），其余物种分属于非洲—古北和亚洲两大支系。其中，东非菊头蝠种组的种类主要在非洲分布，其鼻叶形态与楔鞍菊头蝠相似，即有尖的角状联接叶和楔形鞍状叶，但体型明显较小，而同域分布的其他体型较大的菊头蝠都具圆钝的联接叶。
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