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扬州大学兽医学院（比较医学研究院）是扬州大学二级学院。
扬州大学兽医学院最早可追朔到1902年张謇创建的通海农学堂。1952年在扬州组建而成苏北农学院畜牧兽医系，1992年更名为扬州大学农学院畜牧兽医系，1994年畜牧兽医系分设动物医学系，1998年参与组建扬州大学畜牧兽医学院，2003年12月畜牧兽医学院分设，扬州大学兽医学院正式成立。
据2023年12月学院官网信息显示，学院设动物医学、动植物检疫和实验动物学和兽医公共卫生4个本科专业。现有在校生2137人，其中全日制博士研究生281人，全日制硕士研究生696人，在站博士后56名，本科生1077人，留学生27人。 现有兽医学一级学科博士、硕士学位授予权。有兽医博士、兽医硕士专业学位授予权，设有兽医学博士后流动站。
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