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牡丹江医学院临床医学院，由临床医学系、麻醉学系、医学检验学系、口腔医学系、康复治疗学系合并组建而成。临床医学专业教学始于1959年，是全校规模最大的专业；1985年和1989年分别开设了麻醉学专业和医学检验专业，均为黑龙江省重点专业；2006年和2007年，学校以附属红旗医院口腔和康复治疗临床为依托，分别开办了口腔医学专业和康复治疗学专业，并于同年正式招生。全院设有学院办公室、学生工作办公室与团委合署办公、教研科、实习就业科4个管理机构，设有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、诊断学、麻醉学、医学检验、口腔医学、康复治疗学等18个教研室及临床技能中心、口腔综合实验室、康复综合实验室3个实验教学机构。教学活动依托附属红旗医院、临床技能中心、口腔综合实验室、康复综合实验室，教学用房总面积达2320平方米、教学设备总值达920万元，附属红旗医院1200张床位，供各专业学生临床课程的实习和见习使用。
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