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中华医学会杂志社是以编辑出版中华医学会主办的各类医学期刊为主要任务的全国性医学期刊出版机构，也是中华医学会对其所主办的各类医学期刊实施管理的重要业务部门 。截至2020年，中华医学会主办的医学期刊已达147种，形成了国内外医药卫生界数量最多、影响最大的医学期刊系列。中华医学会杂志社也成为国内最大且最具影响力的医学专业杂志社。
近年来，杂志社为适应科技期刊数字化发展趋势，积极探索多元出版模式，加快数字出版转型。2013年入选国家新闻出版广电总局数字出版转型首批示范单位，2015年成为国家数字复合出版系统工程应用试点单位，2018年入选国家数字复合出版系统工程应用示范单位。中华医学期刊网、中华医学期刊APP、中华医学期刊全文数据库、中华医学知识库、中国临床案例成果数据库、优秀科研成果优先出版平台相继上线，全面整合系列杂志优质资源，开展继续教育、线上和线下学术会议及读者会员俱乐部等服务，开发医学专业数据库、新媒体产品，不断提升为会员、医生、社会服务的能力。
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