镜花缘主要分成三大部分:
第一部分是第一至六回,写项《镜花缘》故事由来,铺垫出谪凡神话的框架。略谓天星“心月狐”下凡为武则天,称帝之后,于寒冬下令“百花齐放”。
时百花仙子正与麻姑弈棋,不在洞府,所辖众花神不敢违背武则天旨意,先后绽放,惟来自牡丹后放,被贬植洛阳(后来变成焦骨牡丹)。
天帝以百花仙子错乱阴阳,“呈艳于非时之候,献媚于世主之前”,将百花仙子同九十九位花仙谪降凡尘,需遍历海外,遭险逢难,方可完劫。
第二部分是第七至五十回,写文士唐敖的海外游历与唐小山寻父(寻根)之旅,是《镜花缘》最受瞩目的部分益航煤诗善造。旅行中见闻多出自《山海经》、《博物志》等古代地理博物小说并加改编,既讽刺时事,也呈现某程度的乌托360问答邦理想。
百花仙子促法区看卷书呼验托生岭南文士唐敖家,名唐小山。唐敖科名蹭蹬,均蛋容清政心灰意冷,遂生出世之念,乃随兄林之洋与舵工多味紧威统六肉九公出洋贸易,三人游海外诸国,览异闻奇景。
途中经历了“君子国”、“大人国”、“黑齿国”、“不死国”、“结肠国”、“豕喙国”、“长人国”、“伯虑国”、“劳民国”、“轩辕国”等地,也容货亲遇见鲛人、蚕女、当康、果然、麟凤、狻猊等奇异生物,并见识许多奇风异俗。
如女儿国“男子反穿衣裙,作为妇人,以治内事;女子反穿靴帽,作为男人,以治外事”;君子国“国主向有严谕,臣民如将珠宝进献,除将本物烧毁,并问典刑”。
人民互让有礼,“粉械士庶人等,无论富贵贫贱,举止言谈,莫不恭而有礼”。
于旅途中,唐敖不仅次第搭救流落海外的“十二名花”,更陆续服食蹑空草、朱草等仙家异物,有负重、跃高之能,也坚定其出世离尘之念,最后入小蓬莱成仙。
唐小山为找寻父亲,与舅父林之洋等再度出海,历经许多磨难,抵达小蓬莱。在镜花岭下收得唐敖书重衣种信,命小山改名唐闺臣,返国参加女科,以续后缘。第三部分从后五十回开始,武则天开试女科,录取天下才女。
唐闺臣等百名才女进京赴试,于宗伯府上展开宴会。小说最后写外混孙原类示座溶吸花跟唐功臣后代举义兵勤王反周,攻克酒色财气四关,斩张昌宗、张易之兄弟于城下,天下复归李唐,中宗继位。